El año de Pablo Pérez, al igual que el año de Boca Juniors, se termina cerrando de manera positiva. Luego de haber conseguido el campeonato, y por ende, la clasificación a la Copa Libertadores del próximo año, sólo restaba mantener el rendimiento y hacer las cosas lo mejor posible en la presente Superliga. Y así fue, Boca ganó 10 de los 12 partidos disputados y finalizó el año como único puntero con Pérez como una de sus piezas claves.

Pero el año no había arrancado de la misma manera. Boca había finalizado el año 2016 en la misma posición que en este 2017 (puntero, con 3 puntos de ventaja sobre el segundo), pero el arranque del siguiente semestre no fue lo mejor del Boca campeón. A pesar de no haber perdido nunca la punta del campeonato, el rendimiento del equipo dentro de la cancha no era el esperado. Y por supuesto el volante ex Newell's entra dentro de ese bajón futbolístico, que no reflotó hasta la fecha 19 ante Vélez (victoria de Boca por 3 a 1 en Liniers), y que luego volvió a decaer luego de la fecha 27 ante Intependiente, en la Bombonera (goleada de Boca 3 a 0). Dos partidos claves para la obtención del título, en los que fue imprescindible la participación de Pablo Pérez, que aporta mucho tanto en el juego como en la recuperación del equipo y que es cada vez más necesario en el esquema de Guillermo Barros Schelotto.

Así finalizaba la temporada 2016/2017 del rosarino, coronando su tercer título con la camiseta de Boca (2 campeonatos locales y una Copa Argentina) y arrancaba un semestre de transición en el que conjunto xeneize sólo debía disputar la Superliga y la Copa Argentina, de la cual fue eliminado por Rosario Central en cuartos de final. Por ende, el objetivo era quedar lo mejor posicionado posible en la tabla para arrancar el 2018 con algo de tranquilidad, y dejar algún margen de error en el campeonato para poder centrarse de lleno en la Copa.

Boca cumplió la tarea y ganó los primeros 8 partidos en fila, de la mano de un excelente rendimiento de casi todos sus jugadores, pero especialmente de un Pablo Pérez implacable, con más llegada al área rival, convirtiendo goles (lo cual había sido una falencia del n°8 la temporada pasada), haciéndose cargo del mediocampo luego de la grave lesión de Fernando Gago y portando la cinta de capitán. 

Fue tan alto el rendimiento en esos primeros partidos que el seleccionador argentino Jorge Sampaoli se vio obligado a citarlo para la doble fecha de Eliminatorias de noviembre ante Perú y Ecuador. Primera convocatoria de Pablo a la Selección Argentina que, aunque no tuvo minutos, le significó todo un premio.

Inmediatamente después de dicha doble fecha se venía el Superclásico en el Monumental. Nuevo desafío para Boca y para Pérez que fue superado con gran autoridad. El Xeneize se impuso por 2 a 1 y el volante fue una de las figuras del partido. Una vez finalizado el encuentro, fue entrevistado y le dedicó el triunfo y la actuación a su padre, que en la semana previa había sido internado en estado de gravedad por un cuadro respiratorio, por lo que el jugador debió ausentarse en algunos entrenamientos. Finalemente y por suerte, fue dado de alta días antes del partido y su hijo jugó un gran Superclásico. 

En cuanto a los números, en lo que va de esta temporada el ex Newell's suma 3 goles y 2 asistencias en 11 partidos, y acumula 6 tarjetas amarillas, un problema que arrastra desde hace mucho tiempo y todavía no puede resolver del todo.