El 25 de mayo de 2004, Boca enfrentaba por la vuelta de los cuartos de final a un equipo brasileño, el Sao Caetano. El encuentro de ida, disputado en Brasil, finalizó con un empate sin goles, por lo que el club de la Ribera debía hacer valer su localía, aunque era en cancha de Racing.

El Xeneize no la pasaba bien de entrada, Gilberto reventaba la pelota en el travesaño, cuando apenas iban unos minutos de juego. Boca que iba a responder, tras un error de Anderson Lima, Guillermo Barros Schelotto aprovechaba para rematar al arco, aunque su disparo se iba apenas desviado. El conjunto brasileño fue quien dominó la posesión de la pelota en la primera etapa. Mientras que el local, acudía a los pelotazos, y así se iba a ir el primer tiempo, sin goles como en el partido de ida.

El segundo tiempo era muy distinto, esta vez era el Xeneize quien dominaba más la pelota, ganando territorio en el campo de juego, pero sin hacer daño en el área rival. La visita tuvo un tiro libre, que Roberto Abbondanzieri evitó que se convirtiera en gol. Pero a los 12 minutos llegaba el gol de Sao Caetano, el autor era Gilberto, generando preocupación en el elenco boquense. De todas formas llegaba al empate, a los 20 minutos del complemento, un pelotazo del Pato, mal despeje que iba a quedar para Carlos Tevez, metió un gran pase para la llegada de Antonio Barijho, definiendo de derecha.

Se termina los 90 minutos, igualaban 1 a 1 y todo se definía desde de los doce pasos. En Boca convertían Rolando Schiavi, Matías Donnet y Antonio Barijho, mientras que fallaron Guillermo Barros Schelotto y Raúl Cascini, en la tanda de cinco. Para los brasileños marcaron Anderson Lima, Gilberto y Warley, pero Lucio Flavio y Carvalho no pudieron ante Abbondanzieri. Llegaban los penales definitivos. Roberto Abbondanzieri anotaba para el Xeneize, Matos desviaba el penal, el local ganaba 4 a 3 y pasaba a las semifinales, donde iba a enfrentar a River.

Formación de Boca: Roberto Abbondanzieri; José María Calvo, Rolando Schiavi, Nicolás Burdisso, Clemente Rodríguez; Matías Donnet, Raúl Cascini, Fabián Vargas, Diego Cagna; Guillermo Barros Schelotto, Carlos Tevez. DT: Carlos Bianchi.