Nem o mais otimista torcedor do Penapolense poderia imaginar que em 2013, o time faria a campanha que fez e muito menos que conseguiria alguns resultados históricos. Mas se teve uma equipe que tem muito o que comemorar em 2013, com certeza, essa equipe está em Penápolis.

O time que conseguiu o acesso em 2012, pretendia em 2013 apenas se manter na Série A1 para ganhar alguma experiência na elite estadual. A montagem do elenco misturava jogadores desconhecidos como Silvinho com velhos conhecidos da torcida, como Guaru e alguns jogadores bastante contestados como Luis Felipe e Marcelo. 

Paulistão Inesquecível 

Mas o que se viu foi um pouco diferente, com uma estreia convincente e uma vitória por 3 a 0 diante do Ituano. Mas o resultado mais comemorado e menos esperado do ano viria na terceira rodada, naquele que foi o melhor jogo da equipe na competição, no Pacaembu, no dia 26 de janeiro, o Penapolense venceu o Palmeiras por 3 a 2, de virada, com gols de Guaru, Magrão e Perez; e fez história no Paulistão. 

Depois disso, o time começou a oscilar e a vaga para a segunda fase parecia mais distante, e a derrota em casa para o São Paulo, por 2 a 0, foi a primeira partida de um time grande de São Paulo no Estádio Tenente Carriço, o Tenentão.  Contra os outros dois grandes, um empate com o Corinthians no Pacaembu e uma derrota na última rodada para o Santos, na Vila Belmiro. Mesmo com a derrota na última rodada, o time foi beneficiado pelo tropeço do rival, Linense, que perdeu para o Mirassol, com o oitavo lugar garantido, era a hora de pensar no São Paulo. 

Na partida das quartas-de-final, o Penapolense foi até o Morumbi enfrentar o São Paulo e por pouco não surpreendeu, o time acabou derrotado por 1 a 0, com um gol contra do zagueiro Jaílton. Ao final da partida, o time do Penapolense foi aplaudido pela torcida que estava no estádio, apesar de injusta a desclassificação, sobrou para a equipe a disputa do Troféu Interior, quando goleou o Botafogo de Ribeirão na semifinal e acabou derrotado pela Ponte Preta na final. 

Depois da boa campanha no estadual e a vaga garantida na Série D, o time acabou perdendo seus principais jogadores e não conseguiu reforços para suprir as ausências.

A decepção da Série D

Na Série D do Brasileirão, o time começou mal e demorou para se encontrar, e teve que decidir a classificação para a segunda fase em Caxias do Sul, diante do Juventude, a acabou derrotado por 1 a 0, dando adeus a chance de acesso à Série C do Brasileiro. 

Os três melhores jogadores do Penapolense em 2013

Silvinho  - chegou como desconhecido, cresceu durante o Paulistão e acabou indo para o São Paulo, Rodrigo Biro - velho conhecido da torcida capeana, foi eleito o melhor lateral esquerdo e acabou vendido para a Ponte Preta; Guaru - capitão da equipe, foi decisivo e artilheiro da equipe no Paulistão 2013.

Os três piores jogadores do Penapolense em 2013

Francismar - chegou para ser o camisa 10, foi mal e logo foi negociado com a Coréia; Val Baiano - chegou para ser o atacante de referência, demorou para entrar e forma e acabou se tornando apenas um jogador “folclórico", Fio - foi importante para a campanha na Série A2, mas na elite, era apenas opção de banco e quando entrou não correspondeu. 

Para 2014, o time manteve a base que disputou o Paulistão e trouxe alguns reforços para tentar repetir a boa campanha no estadual e mais uma vez disputar a Série D do Brasileirão.