Tras un juego que gustaba, un esquema 4-2-3-1 y  una nomina de ensueño dirigida por Reinaldo Rueda Rivera, Atlético Nacional pudo conquistar su segunda Copa libertadores hace 3 años, esto no fue fácil debido a que tuvo que pasar tragos amargos como aquel partido que pierden en territorio Argentino en la ida de los cuartos de final contra Rosario Central, luego en la vuelta los verdolagas estaban esperanzados de dar vuelta al marcador pero al minuto 8 los canallas, se pusieron arriba con un gol de penalti, el panorama cada vez pintaba peor pero gracias a los goles de Macnelly Torres al minuto 45+2, Alejandro ‘lobo’ Guerra al minuto 50 y el milagroso gol al minuto 90+4 de Orlando Berrio el conjunto antioqueño logro su pase a la semi final en donde enfrento a San Pablo de Brasil.

Atlético Nacional inicio su camino en la Copa libertadores 2016 en el grupo D, enfrentando a Huracán de Argentina al que logro superar por 2-0 con goles de Marlos Moreno y Orlando Berrio, en la segunda fecha jugó contra Sporting Cristal de Perú en el Atanasio Girardot, el encuentro termino con con marcador de 3-0, con goles de Davinson Sanchez, Jonathan Copete y Marlos Moreno. En el partido final de la primera vuelta de la fase de grupos los  verdolagas debían enfrentar al histórico Peñarol de Uruguay de locales, pero gracias a los tantos de Daniel Bocanegra y Marlos Moreno se pudieron llevar la victoria.

Para la segunda vuelta de la fase de grupos los verdolagas debían viajar a territorio uruguayo  a enfrentar a Peñarol pero gracias al buen juego que mostraban lograron ganar el partido con marcador de 4-0 con goles de Jonathan Copete, Daniel Bocanegra, Orlando Berrio y Luis Carlos Ruiz, en la quinta fecha Atlético Nacional viajó a Perú para enfrentar a Sporting Cristal y se llevo la victoria con un solitario gol de Victor Ibarbo de penalti, ya para la ultima fecha de la fase de grupos y clasificados a octavos de final, los verdes recibían a Huracán en el Atanasio Girardot, el encuentro termino igualado 0-0.

Tras una primera fase casi perfecta, con puntaje casi perfecto, logrando 16 de 18 puntos posibles y con el arco invicto Atlético Nacional termino como el mejor equipo de la fase de grupos de la Copa Libertadores, gracias a esto le permitió enfrentar al peor segundo de esta fase el cual fue Huracán de Argentina, el primer encuentro fue de visitante, a pesar de mostrar un buen juego el conjunto paisa solo logro llevarse un empate para Medellín pero en la vuelta logro superar al globo con marcador de 4-2, los goles verdolagas fueron de Victor Ibarbo, Alejandro guerra en 2 ocasiones y Jonathan Copete mientras que para Huracán anotaron Ramón Ávila y Cristian Espinosa, gracias a superar el conjunto Argentino los verdolagas se preparaban para enfrentar a Rosario Central también de Argentina en los cuartos de final.

En la ida de los cuartos de final, los verdolagas viajaron a Argentina para enfrentar a Rosario central, tal vez en su peor partido ya que fue el único que perdieron en toda la copa, este juego lo perdieron 1-0 con gol de Walter Montoya, para la vuelta el panorama pintaba amargo ya que iniciaron perdiendo el encuentro al minuto 8 con gol de Marco Rubén de penalti, pero gracias al buen juego que desplegaba Atlético Nacional logro hacer los 3 goles que necesitaba para pasar a la siguiente instancia, los goles fueron marcados por Macnelly Torres, Alejandro Guerra y Orlando Berrio al último minuto del encuentro, pero gracias a un desafortunado episodio en un encontron con el arquero de los canallas se fue expulsado con roja directa y se perdió los dos partidos de semi final en donde Atlético Nacional enfrento a San Pablo de Brasil.

Tras traer a Miguel Ángel Borja como refuerzo por la salida de Victor Ibarbo al fútbol de Escocia, Atlético nacional se preparaba para enfrentar  la semi final del torneo frente a san pablo de Brasil, el primer partido se llevo a cabo en territorio Brasilero en el estadio Morumbi, los verdolagas lograron llevarse la victoria para Medellín con marcador de 2-0 con goles de Miguel Ángel Borja, ya para la vuelta fue un encuentro con mas choque y más disputado en la mitad de la cancha pero gracias a 2 goles de Miguel Ángel Borja la gran figura de la serie y un gol de Jonathan Calleri para San Pablo, Atlético Nacional  logro ganar el partido con marcador de 2-1 y la serie con marcador de 4-1, gracias a sus grandes cualidades mostradas en la copa los verdolagas se preparaban para enfrentar la gran final frente a Independiente Del Valle de Ecuador.

En la final, Atlético Nacional debía enfrentar a Independiente del Valle que venía de dejar en el camino a Boca Junior y River Plate entre otros, el primer partido se llevo a cabo en territorio ecuatoriano, el encuentro  termino igualado 1-1, el gol de los verdolagas fue anotado por Orlando Berrio mientras que el gol de los ecuatorianos lo marco Arturo Mina, en el partido de vuelta y con un estadio a reventar Los verdolagas se llevaron la victoria 1-0 con gol de Miguel Ángel Borja el cual les sirvió para coronarse como campeones de su segunda Copa Libertadores.

Equipo de la final:

Franco Armani, Daniel Bocanegra, Davinson Sanchez, Alexis Henrriquez, Farid Díaz, Alexander Mejía, Alejandro Guerra, Macnelly Torres, Marlos Moreno, Orlando Berrio, Miguel Ángel Borja.

D.T: Reinaldo Rueda Rivera