Independiente Santa Fe llegó a la final de la Copa Merconorte 1999 enfrentando al América de Cali. El duelo de rojos llegó luego de una corta fase de grupos, donde el conjunto cardenal se midió ante Emelec, Caracas y Sporting Cristal. En las Semifinales, enfrentó a Caracas FC obteniendo el paso a la última instancia de este torneo regional creado por la Conmebol como torneo alterno a la Copa Libertadores, por su parte, América llegaba después de lograr su clasificación ante Alianza Lima.

Los dos equipos formaron de la siguiente manera:

Santa Fe: Agustín Julio; Iván López, Adelmo Vallecilla, Hilario Cuenu, Edison González; Luis García, Emir González, Luis Moreno, Aldo Leao Ramírez; Wilson Cano y Jeffrey Díaz. D.T.: Fernando Castro

América de Cali: Diego Gómez; Wilson Pérez, Pablo Navarro, Carlos González, Jersson González; Fabián Vargas, Ángel Perafan, William Zapata, Franki Oviedo; Jairo Castillo y Julián Téllez. D.T.: Jaime de la Pava

Era la primera final entre estos dos históricos de Colombia, y más en un certamen que si bien, no era del todo continental ya que sólo participaron equipos de Colombia, Venezuela, Perú, Ecuador y Bolivia, tenía ese tinte de ser torneo Conmebol en esa época, más adelante se convertiría en la Copa Sudamericana, certamen Continental que tendría mayor validez.

El reto para el técnico Castro era de sacar una ventaja en el Pascual Guerrero, para ello llevó a lo mejor que tenía, figuras como David 'La Cachaza' Hernández, Agustín Julio y Wilson Cano, serían los responsables de comandar a los cardenales para conseguir el título.

Y así fue, en un partido con cancha llena, un Pascual Guerrero a reventar. Los cardenales se impusieron dos goles a uno, con anotaciones de 'La Cachaza' y Luis Moreno Murillo; por su parte Nilson Pérez anotaría para los americanos.

Ya para el partido de vuelta las cosas cambiaron, donde por disparos desde el punto penal, los caleños se llevarían la Copa a la ciudad de Cali. Desde ese entonces no se registra una final entre estos dos equipos rojos, sólo hasta 2020 donde se enfrentarán por el título del rentado colombiano.