En estos últimos años en la entidad colchonera, parece que no acaba de asentarse del todo un bloque de jugadores que sientan el escudo y vayan a quedarse durante mucho tiempo. Esto hace recordar a aquel Atleti de años atrás con sólido grupo de jugadores que contaba con la confianza total de Diego Pablo Simeone y entre los que destacaba su lateral izquierdo, Filipe Luis, quien fue clave para alcanzar los títulos de Copa del Rey 12/13, La Liga 13/14, Europa League por partida doble en la 11/12 y 17/18 y tres veces campeón de la supercopa de Europa en la 11/12, 12/13 y 17/18.
Primera etapa como colchonero
Antes de llegar al Atlético de Madrid, el brazuca ya era un futbolista asentado en España, lo muestra su año en la cantera del Real Madrid y sobre todo esas cuatro temporadas en el RC Deportivo de la Coruña, donde llegó a ser bastante importante e incluso debutar en competición europea. Una lástima que en su último año sufriera una lesión horripilante: una fractura de peroné y luxación de tobillo derecho que le apartó de los terrenos de juego unos cuatro meses. Tras su fantástico rendimiento en el club gallego, el Atlético pagó 12 millones al Dépor en la 2010/11 y firmó al brasileño por cuatro temporadas.
Su llegada no pudo ser más brillante pues le arrebató la Supercopa de Europa al Inter de Milán por un marcador de 2-0. La temporada siguiente ya pudo hacerse con la titularidad en el lateral izquierdo y además justo ese año habría un cambio en los banquillos del equipo español, dando paso a la era más gloriosa del Atleti, la era Simeone. Ya con el Cholo de director técnico, pudo alzar la Europa League por 3-0 ante el Athletic de Bilbao. Esa misma campaña, los rojiblancos también ganaron la Copa del Rey, venciendo en la final que se jugó en el Santiago Bernabeu ante el Real Madrid. Filipe Luis jugó los 130 minutos de encuentro.
El logro más importante del carioca en su primera etapa en España fue la temporada 13/14, en la que el Atlético de Madrid ganó el campeonato liguero en la última jornada contra el FC Barcelona. En Liga de Campeones también fue una campaña histórica para el club, ya que llegaron a la final contra su eterno rival, el Real Madrid, pero tristemente la perdieron en el último minuto con ese polémico gol de Sergio Ramos en un córner sobre la bocina.
Escapada a Londres
En verano de 2014 se oficializó el traspaso de Filipe Luis al Chelsea FC por 25 millones de euros. Debutó con el club londinense el 30 de agosto en la tercera jornada de la Liga. Entró al campo en el minuto 83, sustituyendo a Eden Hazard, en un encuentro contra el Everton que su equipo ganó por 3-6. Marcó su primer gol con la camiseta blue el 16 de diciembre en la victoria por 1-3 ante el Derby County, en los cuartos de final de la Copa de la Liga. El 1 de marzo de 2015, logró su primer título con el club inglés al vencer en la final de la competición al Tottenham Hotspur. Filipe fue convocado para el partido, pero no disputó ningún minuto. En la Liga, solo fue titular en dieciséis partidos durante toda la temporada, aunque el Chelsea terminó la competición alzándose con el título, consiguiendo así Filipe su segunda Liga consecutiva. Filipe Luis se suma a la gran lista de jugadores que han vestido la camiseta rojiblanca y la del club londinense en este siglo: Fernando Torres, Diego Costa, Radamel Falcao, Thibaut Courtois, Tiago Mendes, Jimmy Floyd Hasselbaink, Álvaro Morata, Saúl Ñíguez y Joao Felix.
Regreso a España
El 28 de julio de 2015, Filipe Luís fichó por el Atlético de Madrid con un contrato de cuatro años por una cantidad no revelada. Regresó al equipo el 22 de agosto, abriendo la temporada con una victoria en casa por 1-1 contra el Atlético de Madrid. El recién ascendido UD Las Palmas. En la victoria por 3-0 en el partido de vuelta del 17 de enero siguiente, marcó su primer gol desde su regreso. En enero de 2016 fue expulsado en la primera parte de la 1- 2 ante el FC Barcelona por una falta sobre Lionel Messi.
Ambos escaparon de las críticas del técnico Diego Simeone, pero Filipe Luís fue amonestado tras una sanción de tres partidos. . Continuó siendo titular indiscutible durante su paso por el Estadio Vicente Calderón. En marzo de 2018, tras un choque con el Eder del FC Lokomotiv Moscú en un partido de la Europa League, Filipe Luís se fracturó la pierna izquierda. que se perdió el resto de la temporada y por tanto la Copa Mundial de la FIFA 2018, pero se recuperó en dos meses. Completó su segunda etapa en el Atlético cuando expiró su contrato el 30 de diciembre de 2019.
