Jonas Folger con tan sólo doce años se incorporó a la MotoGP Academy, la plataforma impulsada por Dorna Sports para la formación de nuevos talentos. Aunque Jonas, el talento, lo traía de casa.

En 2006 fue piloto en el CEV y acabó tercero con tres podios. Tan solo dos años más tarde, en 2008 se subiría a la 125cc con los colores de la Red Bull Moto GP Academy en la segunda mitad de la temporada. La experiencia que le dieron esas seis carreras que disputó, le valieron para formar parte del Campeonato del Mundo de 125 cc la temporada siguiente. El primer podio vino esa misma temporada en Le Mans donde acabó segundo y puntuó en las once carreras que terminó. Ese año en la general acabo décimo segundo y se hizo con el galardón que le acreditaba como Mejor Debutante del Año. 

En 2010 no pudo mejorar la clasificación general del años anterior y acabó décimo cuarto. En 2011 se sumó a las filas del equipo de Aki Ajo. Durante esa temporada consiguió su primer triunfo mundialista, y acabó sexto en la clasificación general. 

En la temporada 2012 pasó a formar parte del equipo IodaRacing Project en Moto3, pero tras conseguir unos resultados poco satisfactorios y muy discretos, decidió pasar a formar parte del Mapfre Aspar Team con una Kalex KTM tras la salida del piloto Alberto Moncayo. Folger conseguiría triunfos muy pronto y la temporada siguiente la terminaría en quinto lugar con un total de 183 puntos.

En 2014 subió a la categoría de Moto2 de la mano del equipo AGR de Karlos Arguiñano a los mandos de una KTM. Este año consiguió dos terceros y acabó decimoquinto su primera temporada en la categoría intermedia con un total de 63 puntos. En 2015, consiguió, con el mismo equipo, dos victorias en Qatar y Jerez, un segundo lugar en Japón y un tercer lugar en Malasia. Y terminó la temporada en sexto lugar con 163 puntos.  La temporada de 2016 sería la última en la que Foger participaría como piloto de la categoría intermedia. Se cambió de filas y pasó a formar parte dle Dynavolt Intact GP, como compañero de Sandro Cortese conduciendo una Kalex. Esta temporada la terminaría en séptimo lugar con 167 puntos.

En 2017 subiría a la categoría reina de la mano del Monster Yamaha Tech 3 compartiendo equipo con el francés Johan Zarco. Consiguió su primer podio como segundo en el Gran Premio de Alemania. El alemán se perdió las cuatro últimas carreras de la temporada por una dolencia hepática, pero aún así, acabó la temporada décimo con un total de 84 puntos.

En 2018 continuaría con el Monster Yamaha Tech 3, pero hace unos días comunicó que no participaría esta temporada por problemas de salud. "Estoy increíblemente triste por decir esto, pero no competiré en MotoGP en 2018. No he podido mejorar como estaba esperando, y en esta etapa no me siento capaz de pilotar una MotoGP al 100%”.

Hervé Poncharal comunicaba que "ahora hay que buscarle un sustituto, que es muy difícil ya que la mayoría de pilotos ya tienen sus contratos cerrados. Con suerte podremos hacer que alguien esté muy contento”.