Proveniente de Newell's Old Boys, Walter Adrián Samuel debutó en Boca Juniors el 27 de septiembre de 1997 frente a Estudiantes de la Plata y se despidió del club un 9 de julio del año 2000. Un marcador central con un destacable cabezazo que tuvo su lugar en el plantel de Carlos Bianchi.
El primer gol que convirtió con la azul y oro fue un 4 de octubre de 1998 a los 17 minutos del segundo tiempo en un partido frente a Platense. Ese mismo año se estabilizaría en el equipo de Bianchi, haciendo una dupla inigualable con Jorge Bermudez. Su primer título con Boca fue el Torneo Apertura de 1998 y un año después, concretaría una nueva conquista en el Torneo Clausura 1999, manteniendo una valla invicta de 40 partidos.
En la Copa Libertadores 2000, Samuel tuvo asistencia perfecta y además, regaló a los hinchas Xeneizes un gol para el recuerdo ya que gracias a ese magnífico tanto de cabeza, Boca se clasificaba a la final de dicho torneo. Concretamente, el triunfo fue frente al América de México en el estadio Azteca por 4-0. Previo a este partido, el equipo de Bianchi había ganado en la Bombonera también por 4-0.
Luego de la obtención de la Libertadores del año 2000, El muro fue transferido a la Roma (Italia) por 21 millones de dólares.
En suma, Walter Samuel disputó 122 partidos de los cuales fueron 116 de titular y convirtió 8 goles. Además, el marcador central obtuvo 3 títulos con la camiseta de Boca (Apertura 1998, Clausura 1999 y Copa Libertadores 2000).