En Copa, Medellín y Junior se enfrentarán por cuarta ocasión. Los números están a favor del conjunto tiburón, que ha ganado dos de los tres duelos. La otra versión del torneo en la que se enfrentaron, fue en la del 2009, cuando se vieron las caras en octavos de final.
A continuación los detalles de este enfrentamiento por la Copa.
Total de enfrentamientos: 3
Victorias del Medellín: 1
Goles del Medellín: 2
Victorias del Junior: 2
Goles del Junior: 4
Empates: 0
Todos los enfrentamientos
Junior 2–1 Medellín
Fecha: 26 de agosto de 2009.
Gol(es): Teofilo Gutiérrez, Carlos Bacca / Luis Carlos Arias
Fase: Octavos de final (Ida).
Estadio: Metropolitano Roberto Meléndez.
Medellín 1(3)–0(4) Junior
Fecha: 8 de septiembre de 2009.
Gol(es): Luis Carlos Arias
Fase: Octavos de final (Vuelta).
Estadio: Atanasio Girardot.
Junior 2–1 Medellín
Fecha: 23 de septiembre de 2015.
Gol(es): Juan David Pérez, Roberto Ovelar / Fabio Burbano
Fase: Semifinales (Ida).
Estadio: Metropolitano Roberto Meléndez.