El éxodo continúa en Atlético Nacional. Primero se fue Jonathan Copete al Santos y luego Alexander Mejía a León de México (los mexicanos lo dejaron terminar la Libertadores), ambos en plena Copa Libertadores. Después de la competencia partieron Dávison Sánchez al Ajax y Marlos Moreno al Manchester City. Ahora el que se va es Sebastián Pérez, quien tenía casi todo armado para unirse al Sevilla del argentino Jorge Sampaoli, pero en los últimos días cambió de rumbo e irá a Boca Juniors.
Tras la eliminación de la Selección Colombia sub-23 en los Juegos Olímpicos ante Brasil, Pérez no volvió a Medellín sino que partió al sur del continente para hacerse los exámenes médicos y si no surge ningún problema se unirá a los entrenamientos el martes o el miércoles. Una vez completada la revisión, Pérez dijo que "ojalá pueda agradarle a la gente de Boca. Los colombianos que pasaron por acá lo han hecho de buena manera".
Pérez llega a reforzar la zona media de los 'xeneizes' y peleará por un puesto con Adrián Cubas, Leonardo Jara, Franco Zuqui y Gonzalo Castellani. Boca estaba en búsqueda de volantes tras la partida de Pablo Pérez a Independiente de Avellaneda a cambio de tres millones de dólares y la venta del juvenil uruguayo Rodrigo Bentancur al AC Milán por 14 millones de dólares. También se le puede unir su compatriota y compañero en los Olímpicos, Wilmar Barrios.
Sebastián debutó el 23 de febrero del 2011 a los 17 años en un partido de Copa Colombia ante Once Caldas y poco a poco se fue ganando un espacio en el plantel profesional. Su explosión futbolística llegó de la mano del director técnico Reinaldo Rueda que le puso un acompañante para que marcara y él pudiera tener más libertad en el juego y estar más cerca del arco rival. Junto con el arquero Franco Armani son los jugadores de Atlético Nacional con más títulos (10) en la institución. Sebastián, ganó cinco ligas, dos Superligas, dos Copas Colombia y una Copa Libertadores.