En las más oscuras épocas de España, el levantamiento de Francisco Franco en Melilla desencadena la guerra civil. Cuando estalla la guerra, Bernabéu es denunciado, por acompañar al tesorero del club y amigo, Valero Rivela a unos encuentros políticos. Esto lo llevó a refugiarse en la embajada francesa. Pero su amigo no tuvo su misma suerte, y fue fusilado en la frontera. 

"He visto cambiar el país en cientos de ocasiones, y ya no me queda más que desde lo político, público y notorio, que el Real Madrid Club de Fútbol".

- Santiago Bernábeu 

A raíz de estos hechos, Bernabéu decide abandonar Madrid, y es encontrado por tropas militares. Pero fue capaz de convencerlos de que eran del mismo "bando". Esto logro salvarle la vida. 

En 1939 el Real Madrid se encontraba en una situación crítica. El dinero de la entidad se ha gastado en donativos de guerra para la República. La sede social desapareció en un bombardeo. Sus trofeos habían sido robados y las gradas del viejo Chamartín desechas para obtener madera. De aquella plantilla solo quedaron 5 jugadores, el resto habían sido fusilados o lograron escapar. 

Posteriormente, Bernabéu regresa y con otros cuatros directivos, consiguieron yendo en tranvía de puerta en puerta, encontrar algunos socios dispersos, reconstruir las gradas, hacer operativa una sede social y fichar a unos cuantos jugadores para inscribirse en la competición. Ese año para sorpresa de muchos, el Real Madrid arranca en Liga. Sin embargo, el favor del nuevo gobierno, era para el Atlético de Aviación, futuro Atlético de Madrid, cuya junta deportiva había sido tomada por militares.

Santiago Bernabéu: "Cuando oigo que el Madrid ha sido el equipo del régimen, me dan ganas de cagarme en el padre de quien lo dice, el equipo del régimen siempre ha sido el atlético de aviación, cuando termino la guerra, metieron en la cárcel a medio equipo, y los directivos de los rojiblancos eran todos coroneles"

Hablar del régimen y asociar al Real Madrid, no sólo muestra la falta de lectura histórica, sino también, una falta de respeto hacia Antonio Ortega Gutiérrez, ex-presidente del club durante la guerra civil, fusilado en Alicante, hacía Gonzalo Aguirre, ex-vicepresidente, y Valero Rivera, asesinados en una checa de Madrid, hacia Rafael Sanchez-Guerra, ex-presidente del club, que permaneció 2 años encarcelado como preso político, hacía Monchín Triana, asesinado también en la matanza de Paracuellos, y hacía muchos otros jugadores y miembros del club.