Assen, conocido como la catedral, es el circuito donde dio la remontada de su vida. Según el propio Franco “fue una temporada divertida, los duelos con Tom fueron interesantes”
En esa carrera, resolviendo en un grupo de seis pilotos llegó unido hasta el final, batiendo a su gran rival esa temporada, Thomas Lüthi. Se fue al parón veraniego con el triunfo, batallando con Miguel Oliveira, además le benefició las caídas del suizo y Álex Márquez.
El semáforo se apagó colocándose Álex Márquez en cabeza de carrera, con Lüthi saliendo séptimo remontó hasta la segunda posición, donde consiguió adelantarlo. La caída de Márquez amplió todavía más la diferencia entre el italiano y Cortese, Morbidelli se vio con la victoria en bandeja, por detrás Oliveira, que a diez vueltas se le pegó a la rueda, casi al final caída de Lüthi.
Analizando la segunda parte de la temporada, no comenzaba como quisiera, tuvo que ser en Austria donde consiguió la victoria, un podio más en Silverstone le permitió mantener aún más su distancia con Lüthi, aunque en Misano se le torció todo. Aragón, de nuevo otra victoria. Antes del final de Valencia, tiene lugar la gira asiática, fue en Malasia donde se proclamó campeón del mundo antes de correr, ya que matemáticamente tenía las opciones, además de que le benefició la caída y lesión de su gran rival.
También fue en Alemania donde anunció que daría el salto a la categoría reina en la temporada 2018, de la mano de su equipo en ese entonces, Estrella Galicia 00.