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Eduardo Villegas tendrá por delante el gran desafío de dirigir nuevamente a la Selección de Bolivia que se encuentra en el Grupo A de la Copa América que tiene como cabeza de grupo: al anfitrión Brasil. El entrenador trabajó anteriormente en el seleccionado boliviano de forma interina en la temporada 2009-2010. Su carrera como técnico comenzó en 2005 al frente de San José y un año después desembarcó a Universitario de Sucre. Una temporada más tarde, en 2007, fue contratado para dirigir a The Strongest hasta que Universitario de Sucre lo repatrió nuevamente en 2008. En ese período consiguió su primer título como entrenador ya que La U logró el torneo Apertura 2008.

Sin embargo en su etapa en Jorge Wilstermann no pudo coronarse campeón en 2009 pero tuvo el reconocimiento de trabajar en la selección boliviana. Después de su paso por el seleccionado, retornó al Aviador en donde obtuvo el Apertura 2010. Luego de lograr estos dos torneos, en el Tigre volvió a la senda victoriosa porque dio las vueltas olímpicas en el Clausura 2012 y los Aperturas 2012 y 2013.  

En 2014 Villegas cambió de destino pero no repitió el ciclo exitoso del Equipo Atigrado tanto en Oriente Petrolero (en dos etapas), Bolivar (en 2015) y Sports Boys (2016). Sin embargo, en 2018 retornó al equipo que le dio su primera oportunidad, San José, en donde obtuvo su sexto torneo como entrenador: el Clausura 2018.  Con esta nueva consagración el llamado de la Selección de Bolivia no se hizo esperar a pesar de que debió pelear con el entrenador interino, el venezolano Cesar Farías, quien aguardaba su oficialización en el cargo.

Cuando se hizo oficial su designación, en un reportaje para el diario La Razón se mostró feliz por esta gran oportunidad: “Creo que sí, es algo que anhelaba, que lo he soñado con mi equipo de colaboradores y con mi familia, pero aparte de eso lo he trabajado en los clubes donde he estado e hice siempre una buena labor. Es una satisfacción doble, porque la elección fue unánime. Y más allá de los votos de los miembros del Comité Ejecutivo de la Federación Boliviana de Fútbol (FBF) está el sentir de la gente que no elige pero da sus opiniones y lo hizo en los medios de comunicación, en las redes sociales y en las calles y avenidas de las ciudades por donde estuve. Todos me brindaron mensajes de apoyo y lo mismo a los miembros de mi cuerpo técnico. Sentir ese afecto me ha fortalecido muchísimo para disfrutar de este tiempo y de lo que va a venir mucho más adelante, y ojalá hagamos un buen trabajo”.

A su vez, destacó: “Llego a la selección en el momento justo, porque decidí y quería esto desde hace mucho tiempo. He seguido atentamente los procesos anteriores, los que se completaron y los que se han ido cortando. Desde afuera tenía ideas y con mis colaboradores veníamos haciendo nuestros equipos y pensábamos que podíamos mejorar en algunas cosas, poner a fulano, a otro en lugar de éste y hacíamos nuestras formaciones para cada partido. El proceso lo he continuado desde 2010 y hoy, teniendo la posibilidad de estar adentro, no debería ser muy desconocido. Tengo una idea clara de lo que se ha dado en los procesos anteriores y ahora cuento con la chance de soñar con ir a la Copa, sueño con el Mundial. Me siento fortalecido con el apoyo y respaldo del presidente de la FBF para cubrir las necesidades de los futbolistas y que el equipo esté respaldado, además con mejores condiciones para cuando le toque entrar a la cancha”.