O primeiro título de Macnelly Torres Berrío foi o Torneio Finalización de 2004, com o Junior de Barranquilla. Nasceu nessa cidade em 1º de novembro de 1984 e jogou como meia-armador, com a camisa 10 na maioria dos clubes. Em quase duas décadas como profissional, jogou na Colômbia, no Chile, no México, na Arábia Saudita e no Paraguai. A passagem mais longa foi pelo Atlético Nacional, onde ganhou o apelido de «el Mago», o Mágico.
Formou-se nas categorias de base do Junior e chegou ao time principal no começo dos anos 2000. Em 2003 foi convocado pela seleção colombiana sub-20 para o Mundial da categoria nos Emirados Árabes Unidos. Disputou cinco jogos, e a Colômbia terminou em terceiro lugar. No ano seguinte, fez parte do Junior campeão do Finalización 2004. Em 2005 transferiu-se para o Cúcuta Deportivo.
Cúcuta e a ida para o Chile
No Cúcuta conquistou seu segundo título colombiano, o Finalización 2006, o primeiro título de liga da história do clube. Em meados de 2008 acertou com o Colo-Colo, sua primeira transferência para o exterior. Em Santiago jogou mais adiantado e participou mais da criação de jogadas. Venceu os torneios Clausura de 2008 e 2009 da primeira divisão chilena.
Atlético Nacional, primeira passagem
Em janeiro de 2011 voltou à Colômbia por empréstimo ao Atlético Nacional e conquistou o Torneio Apertura daquele ano. Passou o segundo semestre de 2011 no San Luis, do México, e voltou a Medellín em 2012. Naquele ano o Nacional ganhou a Superliga e a Copa Colômbia. No primeiro semestre de 2013 veio o Apertura, decidido na final contra o Independiente Santa Fe. Torres foi titular na ida, que terminou 0 a 0 no Atanasio Girardot, e também na volta. Foi o 12º título de liga do Nacional. Em julho de 2013 confirmou a transferência para o Al-Shabab, da Arábia Saudita. Carlos Valderrama criticou publicamente a decisão.
Arábia Saudita e volta para casa
Pelo Al-Shabab venceu a Copa do Rei dos Campeões de 2014. No início de 2015 voltou ao Junior, mas precisou esperar a liberação da FIFA para poder jogar. Em junho daquele ano foi apresentado novamente no Atlético Nacional, onde ficou mais três temporadas. Em dezembro de 2015 ganhou o Finalización e, em 2016, a Copa Colômbia.
A Libertadores de 2016
Em 2016 o Nacional conquistou a Copa Libertadores, a segunda do clube, ao vencer o Independiente del Valle por 2 a 1 no placar agregado da final, com a volta em Medellín. Torres foi titular frequente no time de Reinaldo Rueda. No fim do ano entrou na Seleção da América da enquete do jornal uruguaio El País, em um time com sete jogadores do Nacional. Em 2017 vieram a Recopa Sul-Americana e o Torneio Apertura. Em julho de 2018 deixou o clube e assinou com o Deportivo Cali.
Seleção Colombiana
Estreou pela seleção principal em 17 de junho de 2005, em um amistoso contra a Guatemala. Naquele verão disputou a Copa Ouro da Concacaf, na qual a Colômbia chegou às semifinais, e em 2007 jogou as três partidas da Copa América da Venezuela. Disputou as eliminatórias para as Copas de 2010, 2014 e 2018. Somou 48 jogos e 4 gols entre 2005 e 2017: contra Haiti e Bolívia em 2009, de novo contra a Bolívia na goleada por 5 a 0 em Barranquilla, em março de 2013, e contra a Venezuela em setembro de 2016.
Últimos anos e aposentadoria
No Deportivo Cali ficou apenas o segundo semestre de 2018. Em janeiro de 2019 assinou com o Libertad, do Paraguai, e naquele ano conquistou a Copa Paraguai. Em fevereiro de 2020 voltou à Colômbia para defender o Alianza Petrolera, e seu último jogo oficial foi em 8 de novembro de 2020, no estádio Romelio Martínez. Depois de um ano sem clube, anunciou a aposentadoria em dezembro de 2021. A imprensa colombiana contabilizou 16 títulos em sua carreira.
