Junior en el segundo semestre del año disputó tres torneos, en donde logró quedar campeón de la Copa Águila 2015, subcampeón de la Liga Águila 2015-II, y eliminado en la segunda ronda de la Copa Sudamericana 2015.
Liga Águila 2015-II, a punto de la gloria
No hay ninguna duda que la campaña de Junior liderada por el entrenador barranquillero Alexis Mendoza fue muy buena, viéndola desde los resultados obtenidos. Sin embargo, el equipo 'rojiblanco' llegó otra vez hasta nada más a punto de alcanzar el campeonato por Liga Águila. Tras las 20 fechas de la primera fase del campeonato, Junior acabó en el segundo puesto de la tabla, sumando 36 puntos, con 11 victorias, 3 empates, y 6 derrotas. Así mismo, marcaron 31 goles a favor, recibieron 23 goles en contra durante esta fase de la Liga, permitiéndoles así clasificar a la siguiente etapa: los 'play-off'.
En los octavos de final, a Junior le correspondió enfrentar a Independiente Santa Fe. El juego de ida se realizó en Bogotá, donde el equipo capitalino logró iniciar con ventaja la serie (2-1), que finalmente Junior pudo remontar en Barranquilla con un marcador 3-1, quedando el resultado global (4-3) a favor del equipo tiburón, permitiéndole así el paso a las semifinales.
Junior debió enfrentarse contra Deportes Tolima en semifinales. El equipo barranquillero alcanzó la victoria en su visita a Ibagué (0-1), y ratificó su ventaja en Metropolitano con un resultado idéntico, culminando así la serie (2-0) a favor del rojiblanco, clasificando a la final de Liga.
Después de año y medio, Junior disputaba nuevamente la final de Liga, coincidencialmente contra el mismo rival: Atlético Nacional. El juego de ida se realizó en Barranquilla, en donde el equipo tiburón pudo aventajarse con un marcador 2-1 en la serie, dejando la definición de la final para el juego de vuelta en Medellín, donde fue Nacional que superó a su rival con un resultado 1-0, forzando así la definición desde el punto penal. Sin embargo, fue Atlético Nacional quien pudo llevarse la gloria, tras ganar la serie de penales (3-2).
Copa Águila 2015, el grito de campeón
En Copa Colombia, Junior conformó el Grupo A junto a Real Cartagena, Barranquilla F.C. y Uniautónoma F.C., donde el equipo tiburón culminó líder con 9 puntos, clasificando así a la siguiente fase del torneo. En octavos de final, Junior superó a Atlético Nacional con un global (2-1). Luego, debió jugar los cuartos de final frente a Deportes Tolima, ganando la serie (3-2), clasificando así a las semifinales en donde jugó contra Independiente Medellín tras igualar la serie (3-3), y ganando la definición de penales (5-4), permitiéndole de tal forma jugar la final de la Copa Águila.
En la final, enfrentó a Independiente Santa Fe. El juego de ida se realizó en Barranquilla, donde Junior se aventajó en casa con un marcador 2-0. Luego, el equipo tiburón fue a defender su ventaja a Bogotá, y a pesar de que su rival Santa Fe ganara 1-0, el Junior pudo proclamarse campeón de la Copa Águila 2015.
Copa Sudamericana 2015, nuevamente inalcanzable
En la competición internacional, Junior fue eliminado rápidamente en la segunda ronda. Antes de esto, en la primera ronda el equipo de Barranquilla debió enfrentarse contra el FBC Melgar de Perú. En el juego de ida, el equipo tiburón logró un triunfo amplio 5-0. Sin embargo, en el juego de vuelta en Perú, fue Melgar quien ganó 4-0, pero finalmente el 'tiburón' consiguió clasificar con una serie (5-4) a favor.
En la segunda ronda, a Junior le correspondió jugar frente a Deportes Tolima. El juego de ida realizado en el Estadio de Techo en Bogotá culminó con un marcador 0-1 a favor del conjunto 'rojiblanco', pero en el juego de vuelta en Barranquilla fue el Tolima quien dio la sorpresa, y tras ganar 0-2 de visita, elimina a Junior de la Copa Sudamericana.
Las figuras
El entrenador, Alexis Mendoza: el barranquillero logró implantarle un juego muy particular a esta versión del Junior, llegando a las finales tanto de Liga como de Copa.
El capitán, Sebastián Viera: el portero uruguayo, ya con amplia experiencia en el club tiburón fue protagonista por sus atajadas, y pos su liderazgo dentro de la cancha.
El crack, Vladimir Hernández: el volante destacó por su calidad en el centro del campo, y fue el eje para la creación del ataque de su equipo.
El goleador, Roberto Ovelar: el delantero paraguayo sumó 13 goles en el semestre, consagrándose así como el goleador de su equipo.
Estadísticas de Junior en el semestre
| Liga Águila 2015-II | Copa Águila 2015 | Copa Sudamericana 2015 | |
| Resultado | Subcampeón | Campeón | Eliminado 2ª Ronda |
| Partidos Ganados | 15 | 6 | 2 |
| Partidos Empatados | 3 | 4 | 0 |
| Partidos Perdidos | 8 | 4 | 2 |
| Goles a favor | 39 | 19 | 6 |
| GF dentro del área | 34 | - | 6 |
| GF fuera del área | 5 | - | 0 |
| GF a balón parado | 0 | - | 0 |
| Goles / Juego | 1,5 | 1,3 | 1,5 |
| Penales a Favor | 5 | - | 2 |
| Precisión de Penaltis | 60% | - | 50% |
| Tiros totales a favor | 278 | - | 42 |
| Precisión de tiro | 44% | - | 43% |
| Goles en contra | 28 | 14 | 6 |
| Goles en contra / Juego | 1,1 | 1,0 | 1,5 |
| Portería a cero | 9 | 3 | 2 |
| Entradas | 454 | - | 50 |
| Duelos | 2619 | - | 343 |
| Despejes | 391 | - | 69 |
| Tiros Bloqueados | 76 | - | 9 |
| Intercepciones | 316 | - | 61 |
| Pases Totales | 11766 | - | 2051 |
| Precisión de Pases | 83% | - | 85% |
| Total de Centros | 299 | - | 48 |
| Fueras de Juego | 49 | - | 5 |
| Posesión | 54% | - | 52% |
| Faltas a Favor | 389 | - | 47 |
| Tarjetas Amarillas | 48 | - | 5 |
| Tarjetas Rojas | 3 | - | 0 |