En enero de 2012, el Málaga buscaba reforzar la portería y crear una competencia con Willy Caballero. Al club andaluz, se le presentó una oportunidad de oro, ya que el portero camerunés no había disputado ni un solo minuto con el Espanyol en esa temporada. Llegado el mercado invernal, Kameni aterrizó en Málaga sin que el club costasoleño tuviera que pagar por su traspaso.
Los primeros años, no fueron fáciles para Carlos Kameni, pues en la misma campaña que llegó al Málaga, Kameni disputó 9 encuentros. A pesar de su baja participación, dejó buenas sensaciones. El portero, mostró todas sus cualidades y se confirmó como un portero de garantías. En la siguiente temporada, sus actuaciones fueron mucho menores. En dos temporadas, Kameni solo disputó 5 encuentros oficiales. Fueron momentos duros para el camerunés, que incluso se planteó marcharse del club, pero siguió luchando por un puesto.
La salida de Willy Caballero en el verano de 2014, le abrió las puertas de la titularidad. Kameni, no desaprovechó sus oportunidades y se confirmó como la primera opción para la portería durante varias temporadas. El camerunés, sabía que no había margen de error y por ello, dejó grandes actuaciones. Para el recuerdo quedó su mejor actuación ante el FC Barcelona en el Camp Nou. El Málaga, consiguió empatar a cero en la temporada 2016/17, en un partido en el que los blaugranas se desesperaron tras estrellarse, una y otra vez, contra el muro camerunés.
En el verano de 2017, se pondría punto y final a la etapa de Carlos Kameni en el Málaga, pues el camerunés decidía fichar por el Fenerbahçe, uno de los equipos más potentes de Turquía. En el país otomano, es precisamente, donde Kameni peor lo ha pasado. En su primera temporada, disputó 11 partidos, pero ni una sola participación en la temporada 2018/19 e incluso se le llegó a negar que utilizase las instalaciones del club para entrenar. Tras meses de infierno, el portero camerunés llegó a un acuerdo para rescindir su contrato el pasado mes de agosto.
Actualmente, se encuentra sin equipo a sus 35 años, pero no tiene en mente dar por finalizada su carrera como futbolista y se ha ofrecido en reiteradas ocasiones para volver a la entidad malaguista. Tanto la afición del Málaga como el futbolista desean que sus caminos se vuelvan a cruzar y volver a disfrutar juntos.