Dani Fernández se inició en el mundo del fútbol en diferentes equipos madrileños entre los que destacan cuadros como el Getafe CF o el Club Deportivo Leganés. Su buen rendimiento, sumado a sus magníficas actuaciones en el balompié base de la Comunidad Autónoma de Madrid, despertó el interés del Real Madrid, entidad en la que aterrizó en 2012 con el objetivo de potenciar sus cualidades en las filas del Cadete A.
Después de realizar y completar un superlativo ciclo formativo en La Fábrica, el nuevo rostro del CD Badajoz salió de la escuadra merengue para adquirir bagaje en la categoría de la mano del Mérida. Poco después, regresó a enfundarse la elástica blanca y emergió como un jugador clave en los planes del Real Madrid Castilla. En su etapa en el filial vikingo, el futbolista de 23 años se hizo con el puesto de titular gracias a su recurrido y polivalencia. Asimismo, recibió en numerosas ocasiones la llamada del primer equipo para ejercitarse con los pesos pesados de la entidad merengue.
Su etapa en el Castilla finalizó, y Dani Fernández retornó al costado derecho del Fuenlabrada, club del que ya formó parte en 2017 en calidad de cedido. En su segunda aventura en la escuadra fuenlabreña, el internacional español dispuso de un protagonismo menor, aunque se destapó como un trabajador incansable. En el curso 2019/2020, la nueva contratación del equipo extremeño completó un total de 15 encuentro y anotó un gol. Ahora, habiendo emprendido un nuevo camino, se hace con el lateral diestro del CD Badajoz después de las bajas de Fobi y Toni Abad.