El 1 de julio de 2015, Gorka Elustondo Urkola cambió la Real Sociedad por el Athletic Club. Llegó a Bilbao con la carta de libertad, después de casi una década en el primer equipo txuri-urdin, y aquel paso entre los dos grandes del fútbol vasco marcó la segunda mitad de su carrera. Nació el 18 de marzo de 1987 en Beasain (Guipuzkoa) y fue centrocampista de corte defensivo, aunque varios entrenadores lo usaron también como defensa central.
Hizo la primaria y la secundaria en el colegio Alkartasuna Lizeoa de su pueblo. En fútbol pasó por el Aitzgorri en la temporada 2004-05 antes de entrar en la cantera de la Real Sociedad. El 27 de agosto de 2005 debutó con el filial, en un 0-0 ante el Valladolid B, y en dos campañas con la Real Sociedad B sumó 64 partidos. En esa época también jugó con las categorías inferiores de la Selección española.
Campeón de Europa sub-19
En 2006 formó parte del equipo de España que ganó en Polonia la Eurocopa sub-19, con seis partidos disputados en la categoría. Un año después estuvo en el Mundial sub-20 de 2007, donde jugó dos encuentros. No llegó a debutar con la absoluta.
Ocho temporadas en la Real Sociedad
Su estreno en Primera llegó el 20 de diciembre de 2006, en un Celta-Real Sociedad que acabó 0-0 en Balaídos. El equipo bajó a Segunda al final de aquel curso y Elustondo se asentó en el primer equipo ya en la categoría de plata. A finales de octubre de 2008 sufrió una lesión grave; recayó más tarde y apenas pudo volver en las dos últimas jornadas de la temporada 2008-09.
La campaña siguiente fue la de su consolidación. Jugó 30 partidos, 26 como titular, marcó un gol y la Real ganó la Segunda División 2009-10, con el regreso a Primera. En la 2012-13 una fascitis plantar en el pie izquierdo le frenó tras la segunda jornada y un esguince de rodilla en el campo de Osasuna le hizo perderse el resto del curso, el mismo en que el equipo se clasificó el 1 de junio de 2013 para la Liga de Campeones. Se marchó el 30 de junio de 2015, al terminar su contrato, con 167 partidos oficiales y ocho goles: 144 encuentros de Liga, 15 de Copa del Rey y ocho en competición europea.
El salto al Athletic Club
Su primer partido oficial con el Athletic fue el 30 de julio de 2015, en la segunda parte de un 0-0 en Bakú ante el Inter Baku, en la previa de la Europa League. En agosto levantó la Supercopa de España 2015 frente al FC Barcelona, cuya vuelta se jugó el 17 de agosto. Seis días después debutó en Liga, también contra el Barça, en una derrota por 0-1 en San Mamés en la que cometió el penalti sobre Luis Suárez.
El 27 de agosto de 2015 firmó el único gol del 1-0 ante el Zilina, que dio al Athletic el pase por el valor doble de los goles fuera. El 13 de febrero de 2016 marcó en el Santiago Bernabéu. Terminó su etapa en Bilbao con 29 partidos y tres goles en todas las competiciones; en junio de 2017 se confirmó que el club no le renovaba.
Colombia y el Rayo Vallecano
El 14 de julio de 2017 el Atlético Nacional de Medellín oficializó su fichaje. La experiencia en Colombia duró unos pocos meses: disputó ocho partidos oficiales y el club rescindió su contrato. El 17 de enero de 2018 se incorporó al Rayo Vallecano, con el que jugó 14 partidos en la segunda vuelta de la temporada 2017-18 y ganó la Segunda División 2017-18, su segundo título en la categoría.
De nuevo en Primera, el 30 de noviembre de 2018 se rompió el ligamento cruzado anterior de la rodilla derecha en un partido contra la SD Eibar. Fue operado y solo jugó cinco encuentros en el curso 2018-19. En julio de 2019 dejó el Rayo tras rechazar la oferta de renovación, con 19 partidos con la camiseta franjirroja. El Rayo Vallecano fue el último club profesional de una carrera de 224 partidos oficiales y diez goles.
