Los Royal-Blues recibían el nuevo año 2016 desde Florida, Estados Unidos, donde estuvieron preparando la segunda mitad de la temporada, en la que, a principios de años, iban sextos. Además contaron con la incorporación bien recibida de Alessandro Schöpf, que firmó un contrato hasta el 2019; sin embargo, no todo eran buenas noticias, y es que, el capitán, Benedikt Höwedes sufrió una lesión en uno de los amistosos que le mantendría fuera de los terrenos de juego hasta abril.
La segunda vuelta de Bundesliga comenzó y en la primera jornada tras las fiestas navideñas, el equipo encajó una dura derrota contra el Werder Bremen en casa por 1-3, y en la segunda una victoria contra el Darmstadt (2-0).
La lesión no detuvo a Höwedes para extender su contrato, en febrero hasta el próximo 2020. No obstante, Joel Matip decía adiós al conjunto alemán para marcharse a la Premier League, a militar para el Liverpool. Los resultados no acompañaban al equipo: tras perder contra el Mainz 2-1, también quedó eliminado de la Europa League, por la derrota ante el Shakhtar Donetsk en octavos de final.
En marzo las cosas parecían comenzar a ir mejor cuando el equipo mejoró sus opciones de clasificarse para la Champions League después de encadenar tres victorias de cuatro partidos, incluyendo la importante victoria ante el Borussia Mönchengladbach. Los resultados no acompañaban al equipo: tras perder contra el Mainz, quedó eliminado de la Europa League en octavos de final. Al mes siguiente, volvieron los contratiempos, un nuevo bajón para el Schalke 04 que supuso las derrotas contra el Ingolstadt, Bayern de Múnich y Bayer Leverkusen. Los malos resultados fueron criticados por jugadores y por el entrenador en ese momento, André Breitenreiter, diciendo que los jugadores se encontraban en un “sueño profundo”.
El Schalke 04 logró en la temporada 15/16 clasificarse para la fase de grupos de la Europa League para la temporada siguiente. El partido de la jornada 34, supuso la despedida de Breitenreiter y de Matip antes de marcharse a Inglaterra.
La ida del entrenador trajo en junio a Markus Weinzierl que había pasado los últimos cuatro años en el Augsburgo, firmando hasta 2019. Ese mismo mes, tres de los jugadores del Schalke 04 fueron a la Eurocopa con sus selecciones nacionales a Francia.
Los refuerzos siempre son bienvenidos
En cuestión de fichajes, el equipo ha dado la bienvenida a dieciséis jugadores. Entre los más destacados, las llegadas de Alessandro Schöpf, que firmó en enero un contrato que le tendrá en el club alemán hasta el 2019 y Breel Embolo, el joven de 19 años fue firmado en junio. En mayo lo hacía el ex defensa del Wolfsburgo, Naldo. Los Royal Blues firmaron a Coke procedente del FC Sevilla, del mismo equipo llegó Konoplyanka. Abdul Rahman Baba fue cedido por el Chelsea a principios de agosto. A ellos se sumaron los centrocampistas Nabil Bentaleb (en préstamo del Tottenham Hotspur) y Benjamin Stambouli (Paris Saint-Germain), para aumentar la fuerza en el centro del campo.
Sin embargo, el Schalke también tuvo que decir adiós a algunos jugadores, entre ellos Leroy Sané, el joven medio centro, fue vendido al Manchester City; Christian Clemens, extremo derecho, fue vendido al Mainz 05 o Joel Matip, vendido al FC Liverpool.
Una nueva temporada, una nueva oportunidad
Los Royal-Blues viajaron a China, por primera vez en la historia del club, el 2 de julio. El equipo jugó dos partidos de pretemporada frente al Guangzhou R&F y Guangzhou Evergrande, duante los siete días que duró el viaje.
La ciudad de Mittersill en Austria, fue el lugar elegido para que el equipo de Weinzierl preparara la nueva temporada. Max Meyer se hizo cargo como capitán de la selección alemana en los Juegos Olímpicos de Río, tras la lesión de Leon Goretzka. La selección logró la medalla de plata después de que el propio Meyer anotara el empate para Alemania después de que Neymar, jugador del FC Barcelona, hubiera puesto a los locales al frente. No obstante, el combinado alemán perdió en la tanda de penaltis.
Naldo, Benjamin Stambouli, Nabil Bentaleb y Konoplyanka debutaron en su primer partido en la máxima categoría frente al Bayern de Múnich en el Veltins Arena. El equipo perdió el partido por 2-0. Los malos resultados a lo largo de septiembre se convirtieron en una crisis, llevando al equipo de Markus Weinzierl a la zona baja de la tabla, firmando el peor comienzo de temporada de Bundesliga en la historia del equipo. Sin embargo, sí que pudieron celebrar victorias en competición europea —1-0 en Niza y 3-1 ante el Salzburgo.
En octubre, las cosas tenían que cambiar, y así lo hicieron. El Schalke 04 venció por 4-0 al Mönchengldbach, Breel Embolo marcó sus dos primeros goles en la Bundesliga, iniciando una gran carrera. Los malos resultados en septiembre se convirtieron en una crisis, firmando el peor comienzo de temporada de Bundesliga en la historia del equipo Pero, se estancó una semana después de sufrir una lesión que le tiene fuera del verde hasta marzo del próximo año. A pesar de esta baja, los Royal-Blues compensaron las derrotas en liga y comenzó a subir en la tabla después de una victoria frente a Mainz y un empate en el derbi contra Dortmund.
No dejaron escapar ningún punto al mes siguiente —tres victorias consecutivas les impulsaron a la octava plaza. A esto se sumó la última victoria en la fase de grupos frente al Krasnodar por 2-0 que le hacía clasificarse para octavos de final de la Europa League como primeros de grupo y con dos partidos por jugar. La siguiente victoria hacía que el conjunto alemán estableciese un nuevo record de cinco victorias en los primeros cinco partidos de la Europa League, no logradas por ningún club alemán.
En diciembre, llegó un nuevo varapalo: aunque llevaba sin perder ningún partido en los dos pasados meses, el combinado tuvo que soportar las derrotas ante el RB Leipzig y contra el Salzburgo en el último partido de Europa League que no les afectó puesto que ya estaban clasificados. El mes fue desafortunado también en cuanto a lesiones y ausencias. A las lesiones de Coke (que no ha llegado a jugar todavía ningún partido de esta temporada) y Breel Embolo, se sumaron las de Nastasic, Eric Maxim Choupo-Moting, Huntelaar y Franco Di Santo. A pesar de ello, muchos jóvenes talentosos tuvieron su oportunidad de hacer sus debuts —Fabian Reese; Bernard Tekpetey y Donis Avdijaj.
El equipo no pudo lograr cambiar el rumbo antes del parón navideño, encadenaron dos derrotas —Bayer Leverkusen y Hamburgo; y un empate —Friburgo.