Sergio Peláez Farell asumió la presidencia del Deportivo Toluca en 1995 con la intención de regresar el título de liga a las vitrinas del club, título que no conseguían desde la temporada 1974/75. No logró hacerlo pero tomó una decisión que, algunos años más tarde, lo haría posible; contratar a José Saturnino Cardozo.

Cardozo llegó a los 24 años a México luego de haber pasado por el Unión Pacífico, River Plate y el Olimpia en Paraguay, luego el FC St. Gallen suizo y la Universidad Católica de Chile, desde su debut en el futbol profesional en 1986. Al poco tiempo de su llegada a México sufrió una lesión por la cual no pudo rendir como se esperaba de él. Pero la inestabilidad que vivía el club y la consecuente poca autoridad del entrenador en turno restó presión a la figura del joven delantero paraguayo y fue asentándose en el equipo, el club y la ciudad.

En 1997, Rafael Lebrija fue nombrado presidente del club luego de que Sergio Peláez Farell padeciera una enfermedad que le impidió seguir fungiendo como tal. Al inicio, el club se mantuvo igual, con el equipo inmerso en un vaivén de malos resultados y un funcionamiento cuestionable. Para dar vuelta a la situación, Lebrija contrató a Enrique Meza como Director Técnico de los diablos rojo.

El Ojitos Meza, inmediatamente dio la titularidad a José Cardozo junto a José Manuel Abundis, Fabián Estay, Víctor Ruiz y Enrique Alfaro, entre otros. ¿Resultado? El Toluca fue primer lugar del Grupo 2 con 33 puntos y además fue líder general. Saturnino Cardozo fue campeón de goleo con 13 goles superando los 11 de Claudinho en Morelia y Carlos Hermosillo en Cruz Azul. En la liguilla, el Toluca derrotó al Atlante por global de 6-1 (Atlante 0-1 y 5-1 Atlante) para avanzar a semifinales donde enfrentó al América. Los goles de Alfaro, Abundis y Estay le dieron la victoria al Toluca por 3-1 (América 0-1 y 2-1 América) para avanzar a la gran final contra el Necaxa de Raúl Arias al que vencieron con global de 6-4 (Necaxa 2-1 y 4-2 Necaxa) con dos goles de Cardozo en el partido de vuelta de la final. Cardozo hizo 5 goles en la liguilla para darle al Toluca su cuarto título en la historia.

En el torneo siguiente, el Toluca mejoró sus cifras, siendo primer lugar del Grupo 4 con 36 puntos pero segundo lugar general tras los 40 del Cruz Azul. José Cardozo mantuvo su cuota goleadora anotando 13 goles en el torneo regular pero no le alcanzó para mantener el título de goleo que pasaría a manos de Cuauhtémoc Blanco y sus 16 goles para el América. El Toluca perdería 2-3 a manos del Atlas (Atlas 2-0 y 2-1 Toluca) y quedaría eliminado del torneo invierno 98.

José fue 4 veces campeón y 4 veces líder de goleo en México.

Época de oro bajo la tutela de Meza:

En el verano de 1999, el Toluca de Meza hizo 39 puntos (12 victorias, 3 empates y 2 derrotas) para ser primer lugar del Grupo 4 y a su vez, líder general. José Cardozo pulverizó su marca anterior de 13 goles y le sumaría 2 más para ser campeón de goleo con 15 goles. Atrás quedaron Cuauhtémoc Blanco y José Manuel Abundis con 14 anotaciones. Necaxa sería el rival a vencer en los cuartos de final, y así fue, el Toluca derrotó a los rayos con global de 4-3 (Necaxa 1-3 y 1-2 Necaxa) para acceder a semifinales contra el Santos de Torreón al que también venció con global de 4-3 (Santos 1-1 y 3-2 Santos).

En la final esperaba el Atlas de Ricardo Antonio La Volpe. Luego de un electrizante 3-3 en Guadalajara, Toluca y Atlas empataron a 2 goles en un partido memorable disputado en el Nemesio Diez, aunque un remate de cabeza de Cardozo -que pegó en el travesaño- estuvo a punto de darle el triunfo al Toluca en el último minuto. Al final, el título se decidió en una tanda de penaltis, ahí el Toluca ganó su quinto título luego de vencer 5-4. Los 5 goles de Cardozo en la liguilla mucho tuvieron que ver en este nuevo éxito del equipo choricero.

En el invierno de 1999, Toluca volvió a ser primer lugar de grupo, en este caso el Grupo 1 con 32 puntos, sólo detrás de los 38 del Atlas de La Volpe. La cuota goleadora de José cayó drásticamente hasta los 9 goles, cifra que sin ser mala distaba mucho de los 15 que había conseguido en el torneo anterior. En los cuartos de final, el Toluca se enfrentó a Pachuca, quien los venció 2-3 (Pachuca 1-0 y 2-2 Pachuca). A la postre, Pachuca sería campeón. Cardozo no logró anotar en la liguilla de ese torneo.

José Cardozo anotó 58 goles en la temporada 2002/03. Fue máximo goleador mundial de primera división.

De nuevo en verano, del 2000, vendría un punto alto para el Toluca. Con 40 puntos fue líder general del torneo. Además, 12 goles de José Cardozo lo volvían a poner como mejor goleador del equipo por encima de Carlos María Morales quien anotó 10 veces, entre ambos hicieron 22 de los 44 goles del equipo. El camino por la liguilla fue aplastante, primero el Puebla al que despedazó 9-0 (Puebla 0-2 y 7-0 Puebla), luego el Guadalajara en semifinales al que derrotaron 6-3 (Guadalajara 1-4 y 2-2 Guadalajara) para acceder a la gran final donde los esperaba el Santos.

En la final de ida, Toluca ganó 0-2 y en la vuelta ganó 5-1. Ocho goles fueron los que anotó José Saturnino Cardozo en la liguilla, con los cuales alcanzó los 100 en el futbol mexicano con el Toluca. Quizá el mejor equipo que ha tenido el futbol mexicano en torneos cortos. Ese fue el sexto título de liga para el Deportivo Toluca y el tercero de la era de Enrique Meza.

Cardozo vivió su capítulo más negro con Toluca en la final del invierno 2000 contra Morelia.

Meza a la Selección; llegó Ferrero:

En el torneo de invierno de 2000, el Toluca era vigente campeón y un equipo muy reconocido en la liga local por el inmenso trabajo de Enrique Meza. Eso le valió para ser nombrado director técnico de la selección mexicana después de 10 jornadas de iniciado el torneo. El argentino Ricardo Ferrero tomó al equipo por el resto del torneo. Cardozo sólo anotó 3 veces en 12 partidos del torneo regular pero en la liguilla hizo 8 goles en 6 partidos, incluido un golazo en la final de vuelta ante Morelia que permitió que el partido se definiera en la tanda de penaltis después de un 3-3 global (Morelia 3-1 y 2-0 Morelia). Saturnino falló su cobro, el cuarto y permitió que Morelia viviera después del fallo de Álex Fernández. El Morelia ganó al final 4-5 y consiguió su primer título. José Cardozo vivió su capítulo más negro desde que llegó al Toluca.

Después de esa derrota en la final, el Toluca bajó mucho su rendimiento y dejó de ser habitual disputando finales. Cardozo mantuvo un rendimiento aceptable y siguió acumulando goles. Mientras, el Cruz Azul disputaba la Copa Libertadores de 2001 en la que llegando a octavos de final tras ser líder del Grupo 7 con 13 puntos. Aprovechó la ventana de refuerzos y pidió al Toluca le cediera a José Cardozo para la fase final del torneo, Toluca aceptó y el guaraní cumplía su sueño de volver a disputar la Copa Libertadores.

En octavos de final, el Toluca dio cuenta del Cerro Porteño con global de 4-3 gracias a dos goles de José en el partido de vuelta. En los cuartos de final, el rival fue River Plate. Luego de un 0-0 en el Monumental, el Estadio Azteca recibió el partido de vuelta. Dos goles de Paco Palencia y uno de Cardozo pusieron al Cruz Azul en las semifinales contra Rosario Central. Ya ahí, Cruz Azul ganó 2-0 en la ida, con goles de -nuevamente- Palencia y Cardozo, quienes ya eran una de las duplas más temidas de Sudamérica. En la vuelta, un empate 3-3 en el Gigante de Arroyito puso al equipo mexicano en la final.

Boca Juniors fue el rival de la gran final. El equipo xeneize, dirigido por Carlos Bianchi, contaba en el plantel con jugadores como Juan Román Riquelme o Marcelo Delgado. La final de ida se jugó en el Estadio Azteca, ahí Marcelo Delgado puso el 0-1 al minuto 85, parecía que la final estaba decidida. La vuelta fue en la Bombonera de Buenos Aires, ahí, Francisco Palencia puso el único gol del partido tres minutos antes del final del primer tiempo. El partido se decidió en tanda de penaltis y ahí, los fallos de Pablo Galdames, José Alberto Hernández y Julio César Pinheiro le dieron el título a Boca Juniors y le quitaron la oportunidad de cobrar su tiro a José Cardozo. Cruz Azul y Saturnino se quedaban en la antesala de la gloria pero la imagen que dejaron ahí quedará por siempre.

Lavolpe toma al equipo en 2002:

En el torneo Apertura 2002, ya con Ricardo La Volpe en la dirección técnica, los Diablos volvieron a los primeros planos. El Deportivo Toluca sumó 41 puntos y anotó 55 goles lo que le bastó para ser segundo lugar general, por detrás del Club América, y la mejor ofensiva del torneo. Por su parte, Cardozo anotó el 52 % de los goles del equipo, es decir, 29 goles, sí, 29 goles en 19 partidos. Sólo se quedó sin anotar en tres partidos (contra Veracruz, Monterrey y Atlas). Anotó 3 goles 3 veces (Necaxa, Puebla y Jaguares) y una vez 4 goles (al Pachuca en la jornada 16). Esos 29 goles son el récord en el futbol mexicano para un torneo corto. Ya en la liguilla, Toluca derrotó al Guadalajara con global de 4-2 (Chivas 2-1 y 3-0 Chivas) con dos goles de Cardozo, uno en cada partido. En las semifinales, la víctima fue Santos por global de 7-4 (Santos 3-5 y 2-1 Santos), en esa serie, Cardozo anotó 4 veces, dos por partido. En la final esperaba el Morelia, verdugo del invierno 2000. Pero el Toluca dio cuenta de los michoacanos al ganar el global 4-2 (Morelia 1-0 y 4-1 Morelia). Chava Carmona, Israel López, José Cardozo y Rafael García fueron los anotadores. El Toluca consiguió así su sétimo título. Fue el cuarto de Saturnino en el futbol mexicano.

El Clausura 2003 fue el último gran torneo para José, anotó 21 goles en la fase regular y uno más en liguilla. Con estos 22, y los 36 del torneo anterior, el paraguayo sumó 58 goles en la temporada 2002/03 lo que le valió ser el máximo goleador mundial de primera división. Fue jugador paraguayo del año en 2000, 2002 y 2003, y además, ganó el premio Rey de América en 2002, un año después que Juan Román Riquelme y un año antes que Carlos Tévez.

En junio de 2005 fue transferido a San Lorenzo de Almagro, equipo con el que apenas consiguió cuatro goles. Después de algunos meses de inestabilidad -y perderse el mundial de Alemania 2006 por lesión-, Cardozo decidió poner fin a su carrera como futbolista.

Al momento de su retiro, Cardozo era el máximo goleador en la historia de la selección paraguaya con 25 goles (cifra que rompió Roque Santa Cruz, actualmente con 28) y el máximo goleador del Deportivo Toluca con 249 goles en 329 partidos, además de 53 asistencias por lo que Cardozo participo, en promedio, en 0.92 goles por partido. Las cifras de José Saturnino Cardozo con el Toluca son impresionantes y así planea seguir ahora como Director Técnico.