Jonathan Dos Santos lleva dos temporadas consecutivas sin poder demostrar todo lo que prometía en sus años en el fútbol formativo. Fue uno de los favoritos en el Barça B de Luis Enrique, conectaba a las mil maravillas en el filial con los hermanos Alcántara, Rafinha y Thiago, con los que tenía una gran complicidad tanto dentro como fuera de los terrenos de juego y Guardiola le escogió, junto a sus compañeros Bartra y Montoya, para que formase parte de la plantilla del primer equipo. Pep veía al centrocampista como un tipo de 4 clásico de los que se construyen en Masía.

En su primera temporada, totalmente integrado en la disciplina del primer equipo tras dejar atrás su etapa formativa, apenas contó para Tito Vilanova: en Liga participó en tres encuentros, sumando un total de 60 minutos y en Copa disputó 121 minutos, en otras tres apariciones. Aún así, el canterano decidió quedarse, prometiendo esforzarse más para ganarse minutos pero sus esfuerzos fueron en vano. A la llegada de Tata Martino, el panorama no mejoró y al cierre de la presente campaña sus números son aún más desalentadores si cabe.

En 2013/14, Jonathan Dos Santos figuró en el banquillo del Barça en seis ocasiones, y participó del partido en tan solo tres de ellas, al comienzo de la temporada: en el 2-3 al Valencia en Mestalla sustituyó a Cesc en el minuto 79; en el 0-4 al Rayo en Vallecas, ocupó el lugar de Xavi en el minuto 83 y por último fue visto y no visto en la victoria 0-2 sobre Almería, al entrar en el 91 por Iniesta. Si bien es cierto que el infortunio de las lesiones se cruzó en su camino, las cosas ya no pintaban bien para el mexicano.

Una lesión en el ligamento cruzado anterior de la rodilla le dejó KO 6 meses

El 23 de octubre de 2013, durante un entrenamiento vespertino, Jonathan se lesionó el ligamento cruzado anterior de la rodilla derecha y el 5 de noviembre se le practicó una artroscopia, un percance que le tuvo seis meses fuera de los terrenos de juego. El pasado 6 de mayo el centrocampista volvía a entrenar con el grupo, y el 17 del mismo mes recibía el alta médica, con lo que pudo entrar en la convocatoria de 23 futbolistas para el último partido de Liga, frente al Atlético de Madrid, partido para el que fue finalmente descartado.

Con la llegada de Luis Enrique al banquillo se abre una puerta para Jonathan Dos Santos, que ya contó con la confianza del asturiano en el filial barcelonista. Hay quien dice, y no sin razón, que todo el tiempo que el mexicano ha pasado sin jugar le pesa ahora como una losa y que su electricidad, su exquisitez en el mediocampo, queda apenas en el recuerdo como una memoria y no es suficiente para continuar vistiendo la camiseta del FC Barcelona.