En Marsella jugó un total de 41 partidos, dando cinco asistencias, buenas cifras para un lateral, jugando casi todos los partidos de la recta final de la temporada, disputando la final de la Copa de Francia ante el PSG, donde perdió por 2-4. Aunque tan solo estuvo en un partido con la selección española sub-21, ante Croacia, pero no jugó ni un minuto, estando en el banquillo los 90, España perdía 0-3 en partido clasificatorio para el campeonato de Europa sub-21, y no estuvo ni convocado cuatro días después en una amistoso internacional ante Noruega.
Volvió tras esta cesión al Atleti, solo jugó ante el Cádiz el Trofeo Ramón de Carranza, estando en el banquillo ante el Tottenham en la pretemporada del equipo colchonero. Se marchó al Sunderland cedido, jugó los primeros siete partidos de Premier League, de la mano de Brendan Rodgers acumulando 640 minutos. Y desde octubre, debido a los malos resultados del equipo inglés, no ha tenido la oportunidad de formar parte del once inicial en algún partido, tan solo en dos, jugando seis minutos en cada uno, ante Leicester y Swansea.
Estas idas y venidas del jugador de un club a otro no le han venido nada bien para sus convocatorias con la selección sub-21. Desde septiembre, "la rojilla" ha jugado seis encuentros, donde en ninguno de ellos ha estado Javier Manquillo.
Además, su futuro está condicionado, en parte, a si Simeone sigue en el Atlético de Madrid. Su contrato con los colchoneros termina en 2018, su cesión con el Sunderland en 2017. Como es evidente, no entra en los planes del argentino, por lo que posiblemente tenga que buscar una salida viable para continuar su carrera. Esta salida viable puede estar en Francia, por lo visto el Marsella está pendiente del progreso del lateral que tanto funcionó en Ligue 1, Andoni Zubizarreta, director deportivo del equipo francés, estaría dispuesto a pagar lo que hiciera falta para hacerse con los servicios del madrileño.
Manquillo no ha tenido mucha presencia en la selección este 2016 que acaba, para ello deberá buscar continuidad en su carrera futbolística para llegar a la absoluta en un futuro inmediato.