La temporada 2017/2018 no terminó como muchos de los romanos querían, consumiéndose el descenso de categoría en los "playout" contra el Coruxo FC, tras empatar el partido de ida en el Estadio Romano (2-2), y volver a empatar la vuelta en el Campo de O Vao el 26 de mayo (0-0).
Tras una temporada muy convulsa con la destitución del entrenador franco-tunecino Mehdhi Nafti en la jornada 19, estando el equipo undécimo en la clasificación, al confesarle al presidente del Mérida (Daniel Martín) que solo había plantilla para mantener la categoría, en la que posteriormente ocuparía el cargo de entrenador el ex futbolista emeritense Loren Morón, y en la que se renovó a la mitad de la plantilla para intentar revertir la mala racha del equipo, dando salida a jugadores como Álex Bernal (Marbella FC), Mustafá (Marbella FC), Juan Esnáider (CDA Navalcarnero), Hugo Díaz (Atlético Baleares), Michele Diana (CD Ebro), mientras que hubo altas como Román Golobart (Elche CF), José Cruz (Viking FK), Germán Sáenz (UD Logroñés), Iván Aguilar (UD Logroñés), Isaac Nana (CF Fuenlabrada), Checa (Hércules CF), Godswill Ekpolo (Fleetwood Town), Isaac Shehoah (Halcones de Morelos).
Tras las siguientes diez jornadas, Loren Morón fue destituido tras conseguir 2 victorias, 3 empates, 5 derrotas, con 8 goles a favor y 16 goles en contra, por lo que, se volvió a contratar a Medhi Nafti para lo que restaba de temporada, pero no logrando así la ansiada salvación en 2ºB.
Para la campaña 2018/2019, ya en Tercera División, se vuelve a hacer una plantilla completamente nueva, quedando únicamente los jugadores Javi Chino y Santi Villa de la temporada anterior. Como entrenador se ficha a Santi Amaro, ex jugador del conjunto emeritense que llegaba procedente del CD Calamonte, por el que había firmado antes de empezar la pretemporada.
La temporada empezó con 2500 abonados, con un Mérida muy dubitativo en su juego, que conseguía sacar sus partidos adelantes, pero sin convencer a la grada, a destacar la derrota por 4-1 ante el Moralo CP, donde más fue cuestionado el equipo y el cuerpo técnico, pero a causa de aquello, el Mérida se sobrepuso y empezó a crecer conforme iban pasando las jornadas, terminando la primera vuelta de la competición en segunda posición, con 44 puntos, logrando 13 victorias, 5 empates, 1 derrota, con 42 goles a favor y 13 goles en contra.
Finalmente, se hará la valoración de los jugadores en esta primera vuelta.
Portero
Javi Sánchez: Portero completo, logrando grandes paradas, salvo alguna duda en balones aéreos y salidas del área. Valoración: 8.
Defensas
Juanjo Chavalés: Lateral muy incisivo en ataque, siendo importante en jugadas a balón parado, logrando 2 goles y 5 asistencias. Valoración: 9.
Adrián Montesinos: Poca continuidad en el esquema del equipo, pero profundo en ataque, logrando 1 asistencia. Valoración: 7.
Javi Chino: Se encontró incómodo en el centro del campo en la primera mitad de la competición, volviendo al eje de la defensa y conseguir así su mejor versión, logrando 1 gol. Valoración: 7'5.
Mario Ramón: Actuación correcta en la defensa, salvo cuando le ganan la espalda los atacantes rivales. Valoración: 7.
Álex Jiménez: Defensa más completo del equipo, jugando y defendiendo muy bien, tanto por arriba como con los pies, logrando 1 gol. Valoración: 9'5.
Paco Puertas: Más importante en el lateral que como central, aún así, muy correcto en sus actuaciones. Valoración: 8.
Héctor Martínez: Creciendo en su juego en el lateral, incisivo en ataque y correcto en defensa, logrando 3 asistencias. Valoración: 8'5.
Medios
Curro: Empezó fuera de forma, pero conforme iban pasando las jornadas, se encontraba cada vez mejor en el pivote, logrando así hacerse dueño de él. Valoración: 8.
Heo: Entró sin hacer ruido, logrando darle pausa y tranquilidad al equipo, siendo intermitente en el esquema del entrenador. Valoración: 7'5.
Santi Villa: Nada nuevo, sabe perfectamente que hacer, dándole ataque y pausa al equipo cuando lo necesita, siendo el especialista desde los 11 metros, logrando 7 goles y 1 asistencia. Valoración: 9.
Antxón Muneta: No para de crecer, ya establecido en el esquema del equipo, muestra su calidad en el centro del campo con su zurda endiablada, logrando 4 goles. Valoración: 9.
Puyi: Su lesión le cortó su buena progresión, ya recuperado, empieza a volver a lo que es, un futbolista ordenado en el centro del campo. Valoración: 7'5.
Dani Cadena: Jugador del que se esperaba mucho más cuando aterrizó al equipo, nula participación en el juego del equipo tras jugar el primer tercio de la primera vuelta con muchas dudas en su juego, logrando 1 gol. Valoración: NS/NC.
Delanteros
Javi Martín: Bien con espacios, pero le cuesta más cuando tiene jugadores por delante, tiene participación en los últimos tercios de los partidos, logrando 1 asistencia. Valoración: 7'5.
Joel Sanabria: Irregular en ataque, donde se muestra hábil a la hora de dar pases en profundidad, pero falto de ideas al borde del área, logrando 1 gol y 1 asistencia: Valoración: 7.
Joaqui Flores: Peligroso siempre con el balón en los pies, sacando disparos y centros importantes para el interés del equipo, logrando 8 goles y 1 asistencia. Valoración: 9.
Cristo: Hermano gemelo de Joaqui Flores en cuanto a juego del equipo, siendo inteligente en cada jugada que efectúa, logrando 9 goles y 4 asistencias. Valoración: 9.
Migue Montes: Muy importante su juego en el equipo, teniendo la calidad suficiente en jugadas de espalda, sabiendo perfectamente que hacer en cada momento, logrando 4 goles y 1 asistencia. Valoración: 9'5.