El RCD Espanyol y el Deportivo Alavés han oficializado esta misma mañana un secreto a voces: el paraguayo Hernán Pérez jugará en el conjunto vitoriano hasta el final de la presente temporada.
Hernán llegó al Espanyol en julio de 2015 procedente del Villarreal CF, pero tras encadenar año y medio cedido en otros equipos: en enero de 2014 salió cedido al Olympiakos FC griego tras no contar con muchos minutos en la vuelta del "Submarino Amarillo" a la máxima categoría española. Hernán volvió a al club castellonense, pero se encontró de nuevo sin minutos y se acordó una nueva cesión en enero de 2015, esta vez, al Real Valladolid de Segunda División, entrenado por Rubí, otro viejo conocido del club periquito.
Tras acabar su contrato con el Villarreal CF y quedar libre, el 3 de julio de 2015 el RCD Espanyol anunciaba el fichaje del extremo paraguayo. Hernán fue determinante en su primera campaña en el club barcelonés tanto con Sergio González como con Constantin Galca. Hernán jugó 33 partidos entre liga y copa y anotó siete goles. Alguno de vital importancia como la potente volea en la victoria por 2-1 contra el Rayo Vallecano en un partido clave por salvar la categoría.
En la siguiente temporada y con la llegada del nuevo ambicioso proyecto al club perico, Hernán siguió siendo una parte importante para el equipo dirigido por Quique Sánchez Flores acumulando 34 partidos y cuatro goles y en enero de 2017 se le renovó su contrato hasta 2020.
Sin embargo, en el verano de 2017 ya hubo rumores de una posible salida del paraguayo al Getafe CF, que volvía a la primera división española, pero su salida no se concretó. Al comenzar la temporada, Hernán se fue saliendo de los onces de Quique y hasta hoy sólo había disputado cuatro encuentros de liga y sólo uno como titular.
En cuanto se volvió a abrir el mercado de fichajes en enero, volvió a salir el Getafe CF como destino de Hernán, pero esta vez en forma de cesión. Finalmente ha sido el Deportivo Alavés el que se ha hecho con los servicios del paraguayo con una cesión hasta el 30 de junio.