En su primera temporada en las filas del Eibar, el central no ha defraudado en absoluto y ha cumplido con creces tras las expectativas que se habían depositado sobre él. El espigado central galo, que había completado dos magníficas campañas con el Girona en Segunda División -la segunda en calidad de cedido por el Manchester City-, equipo al que dejó a las puertas de la máxima categoría del fútbol español, fichó en junio de 2016 por la entidad eibarresa. La competencia de Mauro Dos Santos e Iván Ramis, que habían renovado con el club armero, pronto quedó diluida con la calidad que atesora Lejeune.
El jugador nacido en París empezó a ser un fijo para José Luis Mendilibar desde la segunda jornada, en la que salió como titular en la victoria frente al Valencia por 1 a 0. Su rendimiento ha ido ‘in crescendo’ y se ha convertido en el noveno zaguero con más intercepciones de balón de toda la Liga. Además, sus 190 centímetros de estatura, junto con su elegancia en el salto le han permitido ser el defensa de Primera División con más balones aéreos ganados, con un total de 115. En el apartado disciplinario también ha mejorado respecto a las dos últimas campañas con el Girona, donde había visto 13 y 15 tarjetas amarillas, respectivamente. Esta temporada con el Eibar únicamente ha visto siete cartones amarillos (un ciclo de amonestaciones) y fue expulsado en una ocasión, de forma rigurosa, frente a la Real Sociedad, en el partido correspondiente a la 25ª jornada de liga y que acabó con empate a dos.
Por si sus apariciones en el césped no eran buenas de por sí, con una buena salida de balón, con colocación y rapidez a pesar de su altura, Florian Lejeune añadió a su espectacular temporada un tanto frente al Deportivo de la Coruña. A la salida de un córner, Sergi Enrich se quedó solo ante Tyton y la cedió al central, que no falló a portería vacía. Lejeune se ha convertido en el tercer jugador del Eibar con más minutos en sus piernas este año (2.971), solo superado por el mediocentro Dani García (3.184) y el extremo Pedro León (3.009). En las últimas semanas se ha especulado con una posible salida del central, y en este sentido se han interesado por su situación grandes clubes como Sevilla o Arsenal. El Eibar ya se ha remitido a su cláusula de rescisión, que asciende a 10 millones de euros.